사업장이 2개 이상인 경우 부가가치세를 각 사업장마다 납부하지 않고 한 사업장에서 다른 사업장의 부가가치세까지 한 번에 편리하게 처리할 수 있다. 국세청은 “환급이 발생한 사업장과 세금을 납부해야 하는 사업장을 동시에 운영하는 사업자의 납세부담을 덜어주기 위해 ‘주사업장총괄납부’ 제도를 시행하고 있다”고 설명했다. 2개 이상의 사업장을 운영할 때 부가가치세를 사업장마다 각각 납부하지 않고, 주된 사업장에서 다른 사업장의 납부세액까지 총괄하여 납부하거나 환급 받을 수 있게 한 것.

부가가치세는 사업장 단위로 신고·납부하는 것이 원칙이다. 한 주체가 운영하는 A사업장에서는 환급세액이, B사업장에서는 납부세액이 발생했을 경우 납부세액은 신고와 함께 납부도 해야 하지만, 환급세액은 일정 기한이 지나야 받을 수 있다.

그러나 총괄납부제도를 활용하면 부가가치세 환급이 발생한 사업장과 세금을 납부해야 하는 사업장을 동시에 운영할 수 있어 자금운용면에서 유리하다. 예를 들어 A사업장에는 3000만원의 환급세액이 발생하고, B사업장에서는 부가가치세 1000만원을 납부해야 하는 사업자의 경우 주사업장총괄납부 신청을 해두면 부가가치세 1000만원은 납부하지 않아도 되고, 추후 2000만원만 환급 받으면 된다. 주사업장 총괄납부제도를 활용하려면 총괄납부하고자 하는 과세기간 개시 20일 전에 ‘주사업장총괄납부신청서’를 작성해 주사업장의 관할 세무서에 제출하면 된다.

국세청은 다만, “이 제도는 주된 사업장에서 단순히 납부·환급세액만 총괄하여 납부하거나 환급하는 것이므로, 과세표준신고나 세금계산서합계표 제출 등 법에 규정된 제반 신고의무는 각 사업장별로 이행해야 한다”고 당부했다. 만약 한(主) 사업장에서 다른(從) 사업장분까지 합산해서 신고하면 다른(從) 사업장분은 무신고로 처리되어 가산세를 부담해야 하므로 주의해야 한다.