농협은 문민정부 이후 정권이 바뀔 때마다 중앙회장이 횡령과 공금유용 등의 비리 혐의로 줄줄이 구속되는 수모를 겪고 있다.
이에 따라 농협의 전반적인 내부 구조와 감시시스템을 지적하는 목소리가 높아지고 있다.
특히 지난 2006년에는 정대근 전 중앙회장이 비자금 조성 혐의로 구속됨에 따라 역대회장 3명이 모두 사법 처리되는 치욕적인 신기록을 세워 국민들의 원성을 샀다.

정 회장은 당시 서울 양재동 하나로마트 부지를 현대차 측에 66억여 원에 매각한 뒤 김동진 현대차그룹 총괄부회장으로부터 3억원을 받아 챙긴 혐의를 받았다. 정 회장은 지난 2000년 통합 농협 출범과 함께 초대회장으로 선출, 2004년 연임에 성공하며 7년째 중앙회장을 맡았던 인물이었다.
그러나 당시 정 회장이 구속됨에 따라 농협의 도덕성은 다시 도마 위에 올랐다.

지난 88년 직선제 도입 이후 선출된 농협의 역대 회장들은 비자금 조성 혐의로 줄줄이 구속된 바 있다. 그 첫 번째 주자(?)는 한호선 초대 민선 회장.
지난 94년 한 전 회장은 농협 예산을 전용해 4억8000만원의 비자금을 조성, 이 중 4억1000만원을 유용한 혐의로 검찰에 구속됐다. 이어 정 회장의 전임인 원철희 전 회장도 지난 99년 재임기간 중 6억원의 비자금을 조성해 3억여 원을 횡령한 혐의로 기소, 지난 2003년 대법원에서 징역 1년6월에 집행유예 2년을 선고한 원심이 확정돼 의원직까지 잃었다.

검찰 수사 결과 원 전 회장은 이렇게 조성된 비자금을 한 전 회장의 선거자금으로 제공한 것으로 알려졌다.
이 같은 역대 회장들의 비리는 직원들이라고 예외일 순 없었다. 연이어 터지는 농협직원들의 비리행태에 ‘도덕적 해이’가 극에 달했다는 비난이 쏟아졌다.
실제 지난해 7월에는 농협사료 대표 N씨는 재직시절 원재료 구매 방식을 본사 공동구매 방식으로 전환한 뒤 납품업체 대표에게 이익금을 달라고 요구해 2003년 말부터 5년 동안 12억원의 금품수수를 받은 혐의로 구속됐다.

지난해 말에는 농협 직원들이 서로 모의해 분양도 안 된 건물을 담보로 건설사에 차명으로 불법대출을 해준 사실이 검찰에 적발됐다.
지방의 한 농협지부 여직원이 12억원의 돈을 횡령해 명품 사재기를 하다 발각되기도 했다.